Polipeptid peptid zəncirinin dizayn sxemi və həlli

I. Xülasə
Peptidlər xüsusi makromolekullardır ki, onların ardıcıllığı kimyəvi və fiziki xüsusiyyətlərinə görə qeyri-adi olur.Bəzi peptidləri sintez etmək çətindir, digərlərini sintez etmək nisbətən asandır, lakin təmizləmək çətindir.Praktik problem ondan ibarətdir ki, əksər peptidlər sulu məhlullarda bir qədər həll olunur, buna görə də bizim təmizlənməmizdə hidrofobik peptidin müvafiq hissəsi sulu olmayan həlledicilərdə həll edilməlidir, Buna görə də, bu həlledicilər və ya tamponlar istifadə ilə ciddi uyğunsuzluq göstərə bilər. bioloji eksperimental prosedurların, texniki işçilərə peptiddən öz məqsədləri üçün istifadə etmək qəti şəkildə qadağan olunsun, belə ki, tədqiqatçılar üçün peptidlərin dizaynının bir neçə aspekti aşağıdakılardır.

Polipeptid peptid zəncirinin dizayn sxemi və həlli
İkincisi, sintetik çətin peptidlərin düzgün seçilməsi
1. Aşağı tənzimlənən ardıcıllığın ümumi uzunluğu
15 qalıqdan az olan peptidləri əldə etmək daha asandır, çünki peptidin ölçüsü artır və xam məhsulun saflığı azalır.Peptid zəncirinin ümumi uzunluğu 20 qalıqdan çox artdıqca, məhsulun dəqiq miqdarı əsas narahatlıq doğurur.Bir çox təcrübədə qalıq sayını 20-dən aşağı salmaqla gözlənilməz effektlər əldə etmək asandır.
2. Hidrofobik qalıqların sayını azaldın
Hidrofobik qalıqların böyük üstünlük təşkil etdiyi peptidlər, xüsusən də C-terminusundan 7-12 qalıq olan bölgədə adətən sintetik çətinliklər yaradır.Bu, qeyri-adekvat birləşmə kimi qəbul edilir, çünki sintezdə B-qat təbəqəsi əldə edilir."Belə hallarda, ikidən çox müsbət və mənfi qalıqları çevirmək və ya peptid tərkibini açmaq üçün Gly və ya Pro-nu peptidə qoymaq faydalı ola bilər."
3. “Çətin” qalıqların aşağı tənzimlənməsi
"Bir sıra Cys, Met, Arg və Try qalıqları var ki, onlar ümumiyyətlə asanlıqla sintez olunmur."Ser adətən Cys-ə oksidləşdirici olmayan alternativ kimi istifadə olunacaq.
Polipeptid peptid zəncirinin dizayn sxemi və həlli

Üçüncüsü, suda həll olunanların düzgün seçimini yaxşılaşdırın
1. N və ya C terminalını tənzimləyin
Turşu peptidlərə nisbətən (yəni, pH 7-də mənfi yüklü), asetilləşmə (N-terminus asetilasiyası, C terminalı həmişə sərbəst karboksil qrupunu saxlayır) mənfi yükü artırmaq üçün xüsusilə tövsiyə olunur.Bununla belə, əsas peptidlər üçün (yəni, pH 7-də müsbət yüklü) müsbət yükü artırmaq üçün aminasiya (N-terminusda sərbəst amin qrupu və C-terminusunda aminləşmə) xüsusilə tövsiyə olunur.

2. Ardıcıllığı çox qısaltmaq və ya uzatmaq

Bəzi ardıcıllıqlarda Trp, Phe, Val, Ile, Leu, Met, Tyr və Ala və s. kimi çoxlu sayda hidrofobik amin turşuları var. Bu hidrofob qalıqlar 50%-dən çox olduqda, onları həll etmək adətən asan olmur.Peptidin müsbət və mənfi qütblərini daha da artırmaq üçün ardıcıllığı uzatmaq faydalı ola bilər.İkinci seçim, hidrofobik qalıqları aşağı tənzimləməklə müsbət və mənfi qütbləri artırmaq üçün peptid zəncirinin ölçüsünü aşağı salmaqdır.Peptid zəncirinin müsbət və mənfi tərəfləri nə qədər güclüdürsə, onun su ilə reaksiya vermə ehtimalı bir o qədər yüksəkdir.
3. Suda həll olunan qalığa qoyun
Bəzi peptid zəncirləri üçün bəzi müsbət və mənfi amin turşularının birləşməsi suda həllolma qabiliyyətini yaxşılaşdıra bilər.Şirkətimiz turşu peptidlərin N-terminalını və ya C-terminalını Glu-Glu ilə birləşdirməyi tövsiyə edir.Əsas peptidin N və ya C terminalı və sonra Lys-Lys verildi.Əgər yüklənmiş qrup yerləşdirilə bilmirsə, Ser-Gly-Ser də N və ya C terminalına yerləşdirilə bilər.Lakin peptid zəncirinin tərəfləri dəyişdirilə bilməyəndə bu yanaşma işləmir.